В целом Восточно-Черноморская впадина имеет еще ряд признаков рифтогенеза. Под Восточно-Черноморской впадиной отмечается подъем поверхности Мохо, что характерно для рифтовых зон. Полоса магнитных аномалий, маркирующие разломную зону с магматическими телами, имеет горизонтальные смещения. Такие поперечные смещения рифтовых зон также известны. Наиболее крупное горизонтальное смещение основного разлома, трассирующегося по положительным магнитным аномалиям, отмечается при перескоке полосы магнитных аномалий от морского продолжения Крымских разломов на край свода вала Шатского.

Эти смещения, отражают сложное строение основания Восточно-Черноморской впадины. Вероятно, в нижних слоях осадочного чехла образуются перемычки между отдельными блоками. Можно предположить, что в основании Восточно-Черноморской впадины залегает не единый рифт, а рифтовая зона. Рифтовые зоны по определению Е.Е. Милановского, представляют собой полосовидные тектонические зоны, протягивающиеся на сотни и даже тысячи километров и в которых происходит расширение земной коры в направлении поперечном их простиранию, сопровождаемое подъемом нагретого мантийного материала и образование отдельных рифтов (глубоких грабенов).

Разлом, который вероятно был связан с формированием рифтовой зоны, является долгоживущим и, несомненно, он проявлял себя особенно интенсивно в периоды активизации тектонических движений в регионе. После юрских движений повышение его активности, вероятно, происходило в апт-альбскую фазу рифтинга. В Восточно-Черноморской впадине А.М. Никишиным и др. предполагается также сеноман-сантонская фаза рифтинга. Широкое распространение в Восточно-Черноморской впадине майкопских отложений свидетельствует в пользу их пост-рифтового накопления. В этот период вал Шатского опускался в соответствии с темпами пострифтового опускания и расширения Черноморской тектонической впадины. Процессы опускания в пределах вала Шатского были в кайнозое более быстрыми в северо-западной его части. Здесь вал Шатского перекрыт позднемиоценовыми слоями осадочного выполнения Черноморской впадины, а Гудаутский свод, расположенный на юго-восточном окончании вала Шатского, еще частично находится на современном шельфе, т.е. только в четвертичное время начал вовлекаться в погружение Черноморской впадины. После прекращения самостоятельного развития Восточно-Черноморской впадины и вала Шатского, т.е. с плиоцена разломная зона продолжала существование, проявляясь как канал миграции углеводородных флюидов.