Послесарматское время характеризуется непрерывным накоплением осадков в Восточно-Черноморской впадине. На периферии Черного моря продолжался рост горных сооружений Кавказа, Горного Крыма, Понта. Источниками сноса были не только горы, но и Восточно-Европейская платформа. В прибрежных областях Турции господствовали континентальные условия, в пределах Равнинного Крыма, Западного Предкавказья и Грузинской глыбы происходило чередование трансгрессий и регрессий.

Туапсинский прогиб до позднего миоцена отделялся от Восточно-Черноморской впадины валом Шатского и развивался как самостоятельная структура. На неотектоническом этапе развития, то есть с позднего миоцена, прогиб начал постепенно втягиваться в погружающуюся и расширяющуюся Черноморскую тектоническую впадину. На сейсмических временных разрезах отчетливо видно, как северо-западная часть вала Шатского перекрывается субгоризонтально залегающими верхнемиоцен-четвертичными слоями. Таким образом, с позднего миоцена барьер между Черноморской впадиной и северо-западным участком Туапсинского прогиба в виде вала Шатского начал исчезать. В настоящее время прогиб выражен в рельефе дна моря лишь своими складками.

В пределах Равнинного Крыма, Западного Предкавказья и Грузинской глыбы происходило чередование трансгрессий и регрессий.