О глубоководности майкопского бассейна свидетельствуют два факта, установленные в Индоло-Кубанском прогибе, относящемся к северной части Черноморского региона. Во-первых, в майкопских глинах имеются остатки ископаемых светящихся глубоководных рыб, современные аналоги которых обитают на глубинах около 600 метров. Кроме того, для среднего майкопа можно ориентироваться на клиноформы авандельтовых отложений северного борта Индоло-Кубанского прогиба. Амплитуда клиноформ составляет здесь около 0,6 км, что, в первом приближении, принимается за глубину среднемайкопского бассейна в Индоло-Кубанском прогибе. Исходя из мощностей нижнепалеогеновых и майкопских отложений можно утверждать, что процессы прогибания в центральной части Черного моря были интенсивней, чем в Индоло-Кубанском прогибе, следовательно, можно предполагать, что глубина морского бассейна в Черноморских впадинах была, по крайней мере, не меньше, чем в пределах Индоло-Кубанского прогиба.

С падением уровня Мирового океана в позднем олигоцене (30-25 млн. лет назад), позднем миоцене (10 млн. лет назад и 7-6млн. лет назад), связаны крупные регрессии в Черноморской котловине. Эти периоды отмечены поступлением осадочного материала с водосбора на бровку континентального склона в верховья подводных долин, развитых вблизи устьев крупных рек. Сброс этого материала в глубоководную впадину происходил в виде оползней и турбидитовых потоков.

В позднем майкопе в Черноморском регионе отмечаются признаки крупной регрессии. Наиболее значительной регрессия была в западной части Восточного Паратетиса – в Турции, в Болгарии нижнемиоценовые отложения отсутствуют и частично размыт палеоген. Сильно сокращались морские бассейны в пределах Азовского моря, в Западном Предкавказье. Бассейны существовали в Индоло-Кубанском, Керченско-Таманском прогибах. В Восточно-Черноморской впадине в позднем майкопе существовал глубоководный бассейн.