Активное влияние на формирование бассейнов неоген-четвертичного осадконакопления, источников сноса материала, распределения осадков внутри бассейна осадконакопления и преобразование осадка оказывали неотектонические процессы, проходившие в Черноморском регионе.

Под неотектоникой понимаются движения земной коры которые имели определяющее значение для создания современного рельефа.

Первые работы по неотектонике Черноморского региона были опубликованы еще М.В. Муратовым, который, рассматривая в опубликованной в 1951 году статье неотектонику Крыма, затронул и акваторию Черного моря. По неотектонике Кавказа в 1968 году была издана монография Е.Е.Милановского. Большое количество работ по неотектонике Кавказа было опубликовано Н.В.Короновским. Неотектоника Черного моря описывалась в опубликованных работах А.Н. Вардапетена, Ю.Г. Моргунова, Ф.А. Щербакова, Т.И. Крыстева, В.А. Вигинского.

Продолжается накопление фактического материала, поэтому можно сделать добавления к существующим представлениям о неотектонике для северо-восточной части Черноморского региона. Наибольшее количество фактического материала имеется по акватории Черного моря, примыкающей к российским берегам. Здесь в рельефе выражены ороген Западного Кавказа и глубоководная впадина Черного моря.

Вероятно, в глобальном плане для Черноморского региона зарождение неотектонического этапа можно отнести ко второй половине среднего эоцена, т.е. к началу коллизии на участке Аравийской плиты и Малокавказского сегмента Евразийской плиты. Тогда начались орогенические движения. Это доказывается существованием уже в раннем олигоцене вблизи северного склона Западного Кавказа залива, куда сносились с Кавказской суши и накапливались песчаные отложения, в которых образовались литологические «шнурковые» залежи нефти, описанные еще И.М. Губкиным. В позднем эоцене начали формироваться и молассовые прогибы около Кавказа, Аджаро-Триалет, Балкан.

В региональном плане неотектонический этап относится к позднему миоцену. В позднем сармате значительная часть северо-восточной акватории глубоководной впадины Черного моря была сушей. Это доказывается наличием эрозионного вреза позднесарматских речных долин. С мэотического времени эта область начала погружаться и поглощаться Черноморской глубоководной впадиной. Таким образом, с мэотиса можно начинать отсчет неотектонического этапа развития для этой акватории. На Западном Кавказе наиболее отчетливое выражение орогенические движения приобрели с позднего сармата.

До неотектонического этапа в рассматриваемой акватории существовали различные структуры: граничащий с Кавказом Туапсинский краевой прогиб, выполненный мощными глинами олигоцена-нижнего миоцена (майкопа); вал Шатского – поднятие мезозойских пород, разделяющее Туапсинский прогиб и Восточно-Черноморскую впадину. С миоцена возникла тенденция к упрощению структурного плана, выраженная в вовлечении в Черноморскую тектоническую впадину вала Шатского и Туапсинского прогиба. Поэтому, в настоящее время, в регионе доминируют две сопряженные, крупные, динамично развивающиеся морфоструктуры – растущий ороген Кавказа, а также расширяющаяся и углубляющаяся Черноморская впадина. Причем Черноморская впадина наступает на периферию Кавказа, так как верхняя часть континентального склона Черноморской впадины образована палеоцен-эоценовыми породами южного склона Кавказа. Этот факт был установлен драгированием континентального склона, проведенным Институтом Океанологии РАН и ГНЦ «Южморгеология».