Коротко говоря, нептунизм предполагает, что Земля была инертным пассивным телом с резко выраженным рельефом поверхности, которая сначала была затоплена спокойным Мировым океаном. Из этого первобытного моря первозданные кристаллические осадки отложились в виде слоя гранитов, который накрыл самые высокие районы, так же как и самые низкие равнины, став фундаментом для всех более поздних пород. Со временем, по мере того как воды отступали, кристаллическое вещество продолжало выпадать из раствора, образуя сланцеватые породы, например гнейсы, слюдяные сланцы, серпентиниты и аспидные сланцы, причем с отступанием моря — на все меньших высотных отметках.

Частичное возвращение вод, теперь уже обладающих большей турбулентностью, приводило к механической эрозии первоначально сформировавшихся пород, продукты которой образовали слоистые породы, иногда перекрывающие одна другую или залегающие на размытых поверхностях более древних пород (т. е. несогласно). Жизнь уже появилась, о чем свидетельствует присутствие окаменелостей во многих из этих слоев. Дальнейшее отступание морей завершило этот Первобытный (Uranfanglich) период.

Второй период, получивший название Флецевого (FloetzT т.е. слой), поскольку в это время отлагались преимущественно горизонтально-слоистые осадочные породы, был периодом заметных колебаний уровня моря. Для него были характерны сильные бури, нещадно размывающие первичные породы, и неравномерное отложение обломочного материала, оставляемого морем. В спокойные периоды между штормами отложились кристаллические частицы известняка, гипса и каменной сода. Двенадцать последовательных формаций этого периода (в основном те же, что и у Леманна и Фюкселя) составили ту толщу, возраст которой сейчас считается пермско-триасовым, в том числе многие зоны, богатые окаменелостями. (Перечень геологических периодов см. на с. 100.) Последнее возвращение моря привело к осаждению кристаллических базальтов на некоторые из слоев Флецевого периода. Вернер подчеркивал гибкость своих представлений, допускающую региональную изменчивость этих слоев. Позднее он ввел Переходный период (Uebergangsgebirge) между Первобытным и Флецевым периодом, чтобы лучше объяснить некоторые полевые наблюдения, касающиеся известняков, грау-вакк и диабазов (позднепалеозойского возраста).

Вслед за последним отступанием морей на Земле начались Вулканический и Аллювиальный (Aufgeschwempte) периоды, которые частично перекрывали друг друга, так как проявления того и другого все еще встречаются в наше время. К Вулканическому периоду Вернер относил лавы, пемзу и вулканический пепел (затвердевший до туфа), но исключал из него базальт и порфир, рассматривая их как породы Флецевого или Первобытного периода. Кроме того, он выделил «псевдовулканические» породы, например некоторые кремни, роговики и яшмы, обожженные и измененные под воздействием вулканического тепла.